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抗日戰(zhàn)爭初期,，日本侵略軍攻占華北,，上海、南京等地相繼失守,，淪陷區(qū)學(xué)生紛紛失學(xué),，流離失所,。其中相當(dāng)一部分流亡至戰(zhàn)略后方西南地區(qū)，當(dāng)時教育部一方面為給流亡醫(yī)學(xué)生提供繼續(xù)就學(xué)機(jī)會,，另一方面為奠定西南地區(qū)醫(yī)學(xué)教育基礎(chǔ),，決定在貴州省貴陽市建立國立貴陽醫(yī)學(xué)院。

1937年12月31日,，教育部聘李宗恩(原北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院教授,、我國早期熱帶病學(xué)專家和醫(yī)學(xué)教育家)、朱章賡(原任教育部醫(yī)學(xué)教育委員會常務(wù)委員兼秘書,、公共衛(wèi)生學(xué)專家),、楊崇瑞(北平第一助產(chǎn)學(xué)校校長、協(xié)和醫(yī)學(xué)院婦產(chǎn)科專家)等教授為國立貴陽醫(yī)學(xué)院籌備委員,，并任命李宗恩為籌備委員會主任委員。1938年1月1日籌委會在漢口建立,，教育部加聘張志韓(原任貴州省教育廳廳長)和杭立武(在教育部任職)二人為籌備委員,。在漢口實際負(fù)責(zé)籌建工作的還有原武漢大學(xué)生物化學(xué)教授湯佩松等，到貴陽后還得到原貴州省省立醫(yī)院院長朱懋根的大力協(xié)助,。

當(dāng)時教育部令籌委會移用國立武昌醫(yī)學(xué)院籌備費(fèi)十六萬元(舊幣),，作為國立貴陽醫(yī)學(xué)院籌備費(fèi)，又令籌委會接收北平第一助產(chǎn)學(xué)校武昌辦事處,?；I委會于1月中旬至2月上旬分別在漢口、重慶,、西安,、長沙、貴陽五處設(shè)招生處,招收流亡的醫(yī)學(xué)生及護(hù)士助產(chǎn)學(xué)生, 登記者共約三百人,，除貴陽地區(qū)外,，均由招生處負(fù)責(zé)輸送學(xué)生入黔。漢口招收的學(xué)生,由湯佩松和齊登科等教授帶領(lǐng),，從武漢出發(fā),，經(jīng)重慶轉(zhuǎn)抵貴陽。1938年3月1日國立貴陽醫(yī)學(xué)院宣告成立,教育部正式聘任李宗恩博士為院長,。直至1947年7月,李宗恩院長調(diào)任北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院院長,教育部另任朱懋根教授為我院院長,。此時的貴陽醫(yī)學(xué)院為全國僅有的九所國立醫(yī)學(xué)院校之一。

建院初期,，大批醫(yī)學(xué)先驅(qū)云集我院,，如：生物學(xué)家林紹文、病理學(xué)家侯寶璋,、生物化學(xué)家湯佩松,、內(nèi)科學(xué)家張孝騫、傳染病學(xué)家王季午、外科學(xué)家朱懋根與沈克非,、婦產(chǎn)科學(xué)家楊崇瑞與李瑞林,、公共衛(wèi)生學(xué)家朱章賡等，為我校醫(yī)學(xué)教育奠定了堅實基礎(chǔ),。

1949年11月15日,，貴陽解放，學(xué)校廣大師生職工歡慶解放,。11月25日,，市軍管會文教接管部派衛(wèi)生處樊茂萱為軍代表、張祖良為軍事聯(lián)絡(luò)員,，接管貴陽醫(yī)學(xué)院,。1950年2月3日，市軍管會文教接管部命令將貴陽醫(yī)學(xué)院劃歸文教接管部直接管理,，調(diào)回樊茂萱,、張祖良同志，改派安瑞琮為貴醫(yī)軍事聯(lián)絡(luò)員,，同年4月14日,，又改派何建明為軍事聯(lián)絡(luò)員，另派文教接管部秘書主任陳大羽同志協(xié)助行政領(lǐng)導(dǎo)工作,。

1950年西南軍政委員會文教部文秘字第03049號通知：中央決定凡公立各院校,、館名稱，概不加“國立”兩字,，因此,，貴陽醫(yī)學(xué)院于1950年12月24日起，取消“國立”兩字,，正式更名“貴陽醫(yī)學(xué)院”,，劃歸貴州省人民政府管理。在黨和人民政府的領(lǐng)導(dǎo)下,，學(xué)校面貌煥然一新,，全校師生精神振奮，立志為祖國的醫(yī)藥衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展貢獻(xiàn)力量,，將一所舊式的醫(yī)學(xué)院校逐步改造成為新型的社會主義高等醫(yī)藥院校,，這在貴陽醫(yī)學(xué)院辦學(xué)歷史上發(fā)生了根本性質(zhì)的改變。從此,，師生主動要求進(jìn)步,，積極參加社會政治活動，黨組織得到快速建立和發(fā)展,，行政領(lǐng)導(dǎo)班子得到加強(qiáng),，學(xué)制改革師從蘇聯(lián),，新的教學(xué)計劃得到修訂，教學(xué)方式方法得到完善,，師資隊伍得到壯大,，教育教學(xué)質(zhì)量得到提高，科研工作得到重視,。學(xué)生朝氣蓬勃,，教師干勁十足，學(xué)校各項工作取得豐碩成果,，貴陽醫(yī)學(xué)院步入了健康發(fā)展的快車道,。

文革十年，全校教職工用堅定的政治責(zé)任感,，始終對黨充滿信心,，始終不忘貴醫(yī)肩負(fù)的歷史使命，始終秉承“誠于己,，忠于群,，敬往思來”的校訓(xùn)，立足崗位,，踏實工作，做出了一定的成績和貢獻(xiàn),。學(xué)校廣大教師和醫(yī)護(hù)人員,，繼續(xù)堅持救死護(hù)傷，防病治病,，送醫(yī)送藥,，積極開展巡回醫(yī)療。制訂教學(xué)計劃,，保證教學(xué)質(zhì)量,。舉辦醫(yī)學(xué)專科進(jìn)修班,，開辦金沙和織金分院,。難能可貴的是，廣大教師在沉重壓力下,，積極開展醫(yī)學(xué)研究,，1971年成立“貴州省腫瘤防治研究辦公室”，隨即舉辦腫瘤普查學(xué)習(xí)班,。地方性氟中毒癥,、慢性微電極技術(shù)、巴拉巴拉按蚊實驗室種群馴養(yǎng)成功3個科研成果,，在1978年分別榮獲全國科學(xué)大會獎,、全國醫(yī)藥科學(xué)大會獎及貴州省科學(xué)大會獎,，寄生蟲學(xué)教研組、生理學(xué)教研組榮獲全國醫(yī)藥衛(wèi)生先進(jìn)集體,，學(xué)校由于科研成果突出得到全國科學(xué)大會表彰,。

黨的十一屆三中全會以來，在黨的正確路線,、方針,、政策的指引下，學(xué)校廣大教職醫(yī)護(hù)員工生經(jīng)過撥亂反正,，銳意進(jìn)取,，發(fā)展進(jìn)入了快車道。1978年全國恢復(fù)招收研究生,，學(xué)校招收了第一批碩士研究生,，由4個較好的學(xué)科、專業(yè)及5名學(xué)術(shù)造詣較高的教授,、副教授作為導(dǎo)師進(jìn)行招生,，經(jīng)初試及復(fù)試，從33名考生中擇優(yōu)錄取8名碩士研究生,，金大雄,、孟慶華、李貴真,、張美祥教授和劉家騮副教授為第一批碩士生導(dǎo)師,。1981年經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，醫(yī)學(xué)生物學(xué),、寄生蟲學(xué),、病理解剖學(xué)、內(nèi)科學(xué)四個學(xué)科獲得碩士授予權(quán),，同年,，8位畢業(yè)生獲得醫(yī)學(xué)碩士學(xué)位。

學(xué)校1982年開始面向全國招生,，招生專業(yè)也不斷擴(kuò)大,，從1978年至1984年，由4個學(xué)科,、專業(yè)發(fā)展到15個學(xué)科,、專業(yè)，指導(dǎo)教師從1978年的教授4人,、副教授1人,，增加到教授8人，副教授或副主任醫(yī)師18人,。先后招生的學(xué)科,、專業(yè)有醫(yī)學(xué)生物學(xué),、寄生蟲學(xué)、病理解剖學(xué),、內(nèi)科學(xué),、X線診斷學(xué)、微生物學(xué),、皮膚病學(xué)等,。

1985年成為全國首批獲得“免試推薦優(yōu)秀應(yīng)屆本科畢業(yè)生攻讀碩士學(xué)位”的單位。1997年又成為全國首批“在職人員以研究生畢業(yè)同等學(xué)力申請碩士學(xué)位”的授權(quán)單位,。2003年9月8日,，國務(wù)院學(xué)位委員會《關(guān)于批準(zhǔn)新博士、碩士學(xué)位授予單位的通知》(學(xué)位[2003]56號)公布經(jīng)國務(wù)院學(xué)位委員會第二十次會議批準(zhǔn),，學(xué)校成為博士學(xué)位授予單位,，授權(quán)點(diǎn)為“病理學(xué)與病理生理學(xué)”。2005年,，順利通過教育部組織的本科教學(xué)工作水平評估,。2006年，被遴選為省屬三所重點(diǎn)大學(xué)之一,。2009年,，時任中華醫(yī)學(xué)會會長、中國工程院院士鐘南山教授受聘為名譽(yù)院長,。2009年獲得博士后科研流動站,。2011年，獲得基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)和6個一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn),，同年，為了擴(kuò)大學(xué)校規(guī)模,，1500畝的南校區(qū)開工建設(shè),。2012年，學(xué)校獲得“中西部高?；A(chǔ)能力建設(shè)單位”項目,，并成為首批卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃項目試點(diǎn)高校。2014年,，南校區(qū)建設(shè)完成,，開啟了兩校區(qū)辦學(xué)新紀(jì)元；12月,，學(xué)校迎來了全國高等學(xué)校評議設(shè)置委員會專家,，2015年1月30日，教育部專家以近年少見,、本次唯一的全票,，通過學(xué)校更名貴州醫(yī)科大學(xué),，實現(xiàn)了貴州醫(yī)科類高校大學(xué)零的突破；6月15日,，學(xué)校舉辦了隆重簡樸的更名揭牌儀式,，在揭牌儀式現(xiàn)場，還舉行了貴州醫(yī)科大學(xué)天然產(chǎn)物化學(xué)重點(diǎn)實驗室及大健康學(xué)院的揭牌,；2015年3月,，學(xué)校成功整合貴州省中國科學(xué)院天然產(chǎn)物化學(xué)重點(diǎn)實驗室，這是貴州省醫(yī)藥科學(xué)研究力量的一次強(qiáng)強(qiáng)組合,，有利于集中力量打造國家級高水平創(chuàng)新平臺,。